Sebelum menginjakkan kaki di Premier League, Muñoz sudah lebih dulu mencuri perhatian di tanah kelahirannya bersama Aguilas Doradas. Dia tampil hampir 100 kali di kasta tertinggi Kolombia dan muncul sebagai salah satu pemain muda yang paling konsisten bersinar.
Penampilan gemilangnya membuka pintu baginya untuk bergabung dengan raksasa Kolombia, Atletico Nacional, pada 2019—sebuah langkah yang ia impikan sejak kecil. Hebatnya, dia bahkan dipercaya menyandang ban kapten klub hanya dalam waktu kurang dari dua musim.
Gerak-geriknya kemudian menarik banyak pencari bakat Eropa, hingga Genk datang mengajukan tawaran sebesar €4,5 juta. Di Belgia, Muñoz berkembang pesat menjadi bek kanan modern yang cerdas, kuat secara fisik, dan agresif.
